A partir de Juin 1922, les ennuis commencent ; ils ne cesseront que dans les toutes dernières années de sa vie. A l’instigation de son propre évêque (homme malhonnête, voleur et infidèle à ses vœux), ainsi que de quelques moines, le Vatican limite ses prérogatives de prêtre (interdiction de dire la messe en public, de rencontrer des paroissiens..). Quantités d’accusations seront aussi lancées contre lui : « il s’infligerait lui-même ses stigmates avec de l’acide » est la principale d’entre elles. Certains iront jusqu’à placer des micros dans son confessionnal pour le piéger. En vain. Sur plusieurs décennies, six ou sept collèges de médecins experts l’examineront et déclareront impossible une quelconque supercherie. Toute sa vie, Padre Pio s'est distingué par l'apparition autour de sa personne du phénomène mystérieux que l'on appelle: "la nuit obscure", nuit intérieure purificatrice faite de souffrance indicible et connue de tous les grands mystiques (l’expression est de Saint Jean de la Croix »)